日期:2015-08-28???????? 文章來源:Thermo fisher 官網(wǎng)
????? 輕松應對所有樣品
Superscript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶經(jīng)專門設(shè)計,為RT-PCR及RT-qPCR的性能表現(xiàn)設(shè)立了全新標準。
?SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶可以獨立的工具酶形式或首鏈合成系統(tǒng)形式提供。首鏈合成系統(tǒng)中包括dNTP、oligo(dT)20、隨機六聚體、對照引物以及所需的緩沖液組分等。所有這些必需組分均分別裝于獨立管中,從而實現(xiàn)最優(yōu)化的cDNA合成實驗,確保每次實驗的成功。
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在存在反應抑制劑的情況下進行高效的逆轉(zhuǎn)錄反應
RNA樣品中常見的抑制成分會影響cDNA合成過程,并給出假陰性的RT-qPCR結(jié)果。這些抑制劑包括RNA提取過程中使用的試劑以及得自生物樣本的共提純成分,例如膽鹽、SDS或腐殖酸等(表1)。相比SuperScript? III逆轉(zhuǎn)錄酶及其他供應商提供的逆轉(zhuǎn)錄酶,SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶對于污染性抑制劑具有顯著的抗性(圖1)。這有助于確保獲得出色的結(jié)果,即使在處理含福爾馬林及石蠟的RNA等低純度RNA樣品時依然表現(xiàn)如一。
圖1.對存在生物抑制劑及樣品制備抑制劑時的首鏈cDNA合成反應性能進行分析。根據(jù)所提供實驗方案,在10 μL含oligo(dT)20?的SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶反應體系中加入500 ng的0.5–10 Kb RNA Ladder。依照其他供應商所推薦的實驗方案,使用其他供應商的逆轉(zhuǎn)錄酶進行實驗。在引物退火或添加RT反應mix之前向總RNA中加入抑制劑。通過堿性凝膠電泳將首鏈cDNA分離出來,隨后使用SYBR? Gold Nucleic Acid Gel Stain對cDNA進行染色。使用NaOH使所有RNA水解,從而僅對cDNA進行可視化分析。
對難處理樣品及已降解RNA進行靈敏、可重復的cDNA合成
理想的逆轉(zhuǎn)錄酶可以對大多數(shù)難處理RNA樣品進行成功的逆轉(zhuǎn)錄反應,例如由于制備過程中的降解反應而通常僅含較少的RNA轉(zhuǎn)錄本的得自植物樣本的RNA。SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶擁有極佳的可靠性和靈敏性,是對已降解RNA及含原料污染物的RNA進行cDNA合成的極佳選擇(圖2)。
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圖2.使用多種已降解植物RNA進行靈敏、可重復的cDNA合成,同時保持低突變水平。依照所提供的實驗方案,在20 μL含隨機六聚體引物的SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶反應體系中使用1-100 ng的已降解擬南芥總RNA(RIN:1-3)。依照其他供應商所推薦的實驗方案,使用其他供應商的逆轉(zhuǎn)錄酶進行實驗。將RT反應所得的10%的cDNA加入到如圖表標題所示的靶向TaqMan? Assays中。將平均Ct值對log10[起始RNA的ng數(shù)]進行描點繪圖。另將每組起始RNA的標準差針對對測試的不同逆轉(zhuǎn)錄酶進行描點繪圖。
RT反應:每組輸入RNA中n=3,RT qPCR反應:每組RT反應中n=3。
RNA的二級莖環(huán)結(jié)構(gòu)及富含GC的RNA模板均會影響cDNA合成。SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶擁有極高的熱穩(wěn)定性,可在更高溫度下(高至55oC)獲得出色的表現(xiàn),從而確??蓪Ω缓壗Y(jié)構(gòu)的RNA進行成功的逆轉(zhuǎn)錄反應(圖3)。SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶在RT反應全程中均可保持完整的反應活性,從而可在獲得全長cDNA中有更佳的表現(xiàn)。
圖3.SuperScript IV逆轉(zhuǎn)錄酶的高度熱穩(wěn)定性。根據(jù)所提供實驗方案,在10 μL含oligo(dT)20的SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶反應體系中加入500 ng的0.5–10 Kb RNA Ladder,但反應溫度選取范圍為50-65°C間。通過堿性凝膠電泳將首鏈cDNA分離出來,隨后使用SYBR? Gold Nucleic Acid Gel Stain對cDNA進行染色。使用NaOH使所有RNA水解,從而僅對cDNA進行可視化分析。使用TotalLab軟件對每條cDNA條帶進行測量,將每組溫度下所得的體積進行相加。使用每組反應溫度下的總體積與50°C下的總體積相比,通過其比率計算得到反應活性百分比。
SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶可在十分鐘內(nèi)合成9 kb長的cDNA,這是SuperScript? III逆轉(zhuǎn)錄酶及其他競爭產(chǎn)品做不到的(圖4、5)。
圖5.SuperScript? IV逆轉(zhuǎn)錄酶的cDNA合成實驗方案簡單,可輕松獲得全長cDNA。